半空之中，漂浮着闪烁着多彩光线的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙配音）与多萝茜（佐仓绫音配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感到到新病毒的涌现，她们赶了曩昔，成果发明遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运……