故事讲述的是一群猖狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机械，并把挖掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老年夜涌现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己做事，但没过若干时间，超梦再次对自我觉得迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。