若叶镇的健太和自己的宠物小精灵们一起进行着修行之旅。旅途中，他遇到了少女真理惠。久别重逢，为了确定彼此的实力，两人展开了一场宠物小精灵竞赛。 然而，竞赛才开始，天空却突然聚集起了雷云，雷鸣也随之轰轰作响。与此同时，专门捕获宠物小精灵的二人组突然登场，他们驾驶着巨年夜的机械抓走了许多精灵。 正当健太和真理惠与之对抗之时，传说中的宠物小精灵雷神涌现了……