故事的主人公是喜欢魔法的高中生黒羽快斗，他的父亲是在8年前因事故而死亡的年夜魔法师·黒羽盗一。某日，他在房间一栋隐秘门中发明传说中的怪盗基德的衣服，于是他盘算会见基德。在那里，他遇到了父亲曩昔的同伴·寺井，并得知父亲就是怪盗基德，并且死因不是事故死而是他杀。于是，快斗为查出杀害父亲的罪人，而自己成为了基德。本作和《名侦探柯南》有不少共通点。例如怪盗基德在两作中均有涌现、迷之组织的登场、主人公真正身份不被世人所知，等等，感到就像是融合了魔法元素的柯南。