故事是产生在Milo与Kida留在亚特兰提斯之後的事情。几艘货船途经亚特兰提斯北方的海面遭受进击，於是Milo 、Kida追随来访的探险小组一同展开查询拜访，却发明进击者并不是机械龙虾，而是其他神秘的力量。度过这次危机之後，Kida 为了找出魔幻水晶最适合的支配方法，便和 Milo 与探险队员踏上旅程，她要查出为何当初她父亲要把水晶隐藏起来，害他们的文明差点扑灭。他们也要做出决定，到底该把魔幻水晶拿来运用呢？照样将其永远隐藏起来？