文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告停止―――幕末时代。作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔驰在雨中的山路。刀剑男士在审神者的鼓励下，开启了付丧神的途径。他们的使命是将企图转变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。刀刃挥动，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵