以成为神奇瑰宝年夜师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小霞（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇瑰宝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经远程跋涉终于来到了景致秀美的米琪亚镇。在本地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。症结时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）赞助了他们，能与神奇瑰宝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇瑰宝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来扑灭性的灾难……本片为神奇瑰宝系列第十二部片子剧场版。