迷你特工队通过恐龙星球的科技获得了全新的超等恐龙力量，并勇敢面对仇敌——神怪博士，防止他付与万物邪恶的力量来对城市进行破坏。在防御住了神怪博士的进击后，为了应对今后的强敌，迷你特工队迅速弥补了新的队员——丽娜。面对赓续变强的仇敌，包含丽娜在内的六名队员通过配合合作、运用智慧与勇气，最终击退一个又一个强敌，掩护了人类和地球。