已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。 　　『超等银河—年夜怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。 　　船员们更改了当初的航行筹划，并驶向了宇宙的边疆行星——波利斯。 　　不久达到波利斯的4名队员，而期待着他们的却是波利斯已被旷废的惨状。4人正准备查询拜访此事时，面前却涌现了人类认定已经灭亡了的怪兽!!! 　　就在同一时刻,驾驭怪兽的青年也涌现了!而他的目的又是什么呢......?