京都的舞鹤口岸,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验帆海运动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人被选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的帆海。突然,巨年夜的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演进程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？