【本片部分专有名词译名由THE一灭寂汉化组提供】世界上的5个场合溘然涌现了通往异世界的门扉，来自5个不应时间轴上的地球的未来世界的异形生物——Z/X，随即开始了侵略。人类与5个世界签订了休战协议，世间迎来了短暂的和平。在青之世界过着住院生活的各务原安昙被聚集了众多优秀的少女玩家的学院——富士御崎学院选为了第1期的入学生，然后便与她的错误莉洁尔前往了学校……然则在入学式中，遭受了正体不明的仇敌的进击。凌乱中的学生！！被破坏的学院！！新生们从入学第一天开始就投身于战斗中了！！