在「Fate/Zero」中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年持续了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各类充斥神秘的事件——。进一步拓展了至今为止充斥神秘感的TYPE-MOON世界的基本——「魔术世界」的舞台。那个神秘与理想、魔术与谜题交错的故事即将开演。