四年前，一颗陨石坠落至极地，从中出生出DNA神奇瑰宝-代欧奇希斯，居住在年夜气层的天空神奇瑰宝－裂空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场鏖战。最后，裂空坐打败了代欧奇希斯，代欧奇希斯的核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复生的代欧奇希斯的核心。小超从此变得很畏惧神奇瑰宝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下，小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时，代欧奇希斯又完全答复复兴，它依据其同伴所发出的信号，来到了拉鲁斯市。双方的年夜战一触即发....