《幻影神奇瑰宝的主谋》又名《幻影神奇瑰宝的战栗》，英文全称是The Mastermind of Mirage Pokémon，是美国第一个神奇瑰宝动画的特别篇，首次在2006年4月29日在Kids'WB电视台上映。是该片为庆祝宠物小精灵10周年所做，由美国WB(warner brother)华纳兄弟片子公司制作刊行，目前有英语和日语两个版本。超世代時期的某天，小智收到藍頭髮的楊格(Yung)博士的研究城堡邀請函。原來這位博士致力研究基因，研發了神奇寶貝幻影系統，可以將已絕種的神奇寶貝給實像投影，摸起來跟真的一樣。而到了城堡看完了幻影系統的功能後，小智就和幻影神奇寶貝進行對戰。溘然幻影系統失靈，而幻影化石翼龍居然衝出來綁架了楊格博士！這時出現一位蒙上面具披上年夜衣的主謀者，自稱可以隨意操縱這...