在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然涌现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度涌现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的仇敌——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉传授家中，与美杉传授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体涌现残杀人类时，他便会受到感应前去消灭它们。愈发强年夜的不明物体、津上翔一曩昔的记忆以及从欧帕兹中出生的神秘黑衣少年，它们之间有着什么样的联系呢？一切的真相又是什么？