良久以前，在宇宙中被破碎摧毁的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击仇敌。经过一番鏖战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常涌现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲军队“军械库（STORAGE）”。在这支军队中有一位热血青年——夏川遥辉。宇宙怪兽达到地球的那一刻，泽塔奥特曼和遥辉相遇了，自此两位热血青年的战斗故事开始了。