小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（年夜谷育江 配音），和同伴们持续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇瑰宝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，率领年夜家在不合的所在来回穿梭。地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里产生过一场声势浩年夜的神奇瑰宝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让年夜家没有想到的是，巴尔扎竟然获得了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。