自从“失落之日”以后，世界遭受扑灭性的袭击，地球上的一半土地不再适宜居住，人们筑起巨年夜的墙以招架黑雾的威胁。难民流离失所，被集中安顿在编以号码的人工都会“方舟（Ark）”中居住。在9号（Ⅸ）方舟中经营侦探事务所的紫堂缘（小野友树 配音），这一天接到吕蓓卡·罗斯（金元寿子 配音）的委托，请托他寻找涉嫌偷盗抢劫的罗伯特·瓦格纳，只为让此人的母亲临死前能够见上儿子一面。看似简单的人物，凶险尾随而至。紫堂他们找到罗伯特，但发明其母亲早已去世，同时发明罗伯特的女友汉娜正依靠奥尔巴斯制药开发的药物抑制利维加尔特症候群的发生发火，以阻止人体产生变异。一重重迷雾，将紫堂带入更深的谜局之中…… 本片依据安井健太郎（著）、绪方刚志（插画）的原作改编。