西元1999年，一顆不明的巨年夜「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞（還得掩蓋失落這個外星船墜落的事實），而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改革成為全長1200公尺的超年夜型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「年夜宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的决裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道邻近突然發現有年夜規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙年夜戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的情感糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……