先の年夜戦が終わり、時代はEDO、戦後の凌乱はいまだおさまらず、人々は軍事将軍率いる軍事政府の圧政に苦しんでいた。元・忍空の風助は、友達のペンギン・ヒロユキと旅する途中、昔の仲間である藍眺、橙次とその妹・里穂子に出会い、5人はそろって旅をすることになる。だがその旅はままならず、謎の刺客に阻まれる。5人に襲いかかる刺客とは恐るべき力と技を持ち、人の心を持たない戦士たちだ。それに対し、風助、藍眺、橙次は鍛え抜いた忍空技と、強い絆で立ち向かい、次々と敵を倒してゆく。果たして、敵の刺客の目的は？なぜ風助たちを狙うのか？ そしてそれを裏で操る政府の三年夜軍師の正体とは？ 数々の謎と野望が、凌乱の時代を駆けめぐる!!