前作主角・圆堂守所率领的日本代表队“闪电日本队”在FFI世界年夜赛获得优胜的10年后、一位最喜欢足球的少年・松风天马因为向往闪电十一人、以及用过足球救他的闪电标记，所以着进入雷门中学、而参加雷门足球队。不过那时受到社会高度评价并且人材辈出的足球队却已经消失、而让足球完全糜烂了。不知为何、全国足球被叫作“第五部分”的组织所控制、如果不依照他们的指示踢球就不克不及竞赛。而“第五部分”的种子选手(被京介称之为种子)・剑城京介只以一人之力就将整个雷门足球队打得体无完肤。于是他们为了找回十年前的足球精神、新雷门十一人们将要和成为雷门足球队锻练的圆堂一起配合奋战....