在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人涌现，他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时，在年夜阪、京都也相继产生了杀人事件。警方在经过查询拜访后发明，被杀害的五人都是出没于东京、年夜阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗团体“源氏萤”的成员。这个团体以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，手下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持为了解读一幅可以判断佛像藏匿所在的谜样的画像，因而请来了小五郎协助，小五郎一行人展开了查询拜访。