某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图窃取一份秘密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等列国情报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路年夜桥上上演剧烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从年夜桥坠入海中。第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨年夜摩天轮底下，发明了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。可是，这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态，带的手机也已经损坏。为了赞助她找回记忆，柯南等人约好了和她同行。没想到，这一切都被贝尔摩德阴郁监督着……