《武装中学生》的舞台为2026年8月的富士演习场。在那里进行实战训练的私立东都防卫学院中等部三年级生，在最后一天参加了以“最终武器研究”为主题的课外教授教化运动。然则在那里却产生了一件摇动全日本的年夜事件，他们从此被年夜众戏称为“武装中学生”。