故事内容延续第一部TV版《攻壳灵活队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情持续成长。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里产生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不合故事组成，各自自力成章，却贯穿戴同一条主线。在剧情上同时片子版导演押井守也介入了协力，不过片子版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。