神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边，她的命运似乎就将在此结eee。在危急时刻，葛城美里不只要完成加持良治交待的对“第二次大难”真相以及“人类补完筹划”的探查工作，还要掩护碇真嗣与明日香，以及戒备SEELE对初号机与二号机的物理接触。出于对碇元度的憎恨，赤木律子接收了SEELE引爆MAGI的提案，她能否胜利？历久与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完筹划”能否实现？