《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨年夜的超等萝卜有天突然变小了，博士疑惑是巨石阵的土壤含有某种只对年夜萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，年夜萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让年夜萝卜恢答复复兴状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了赞助年夜家，博士送来一只名叫兔智的机械人，它不仅智慧超群，还拥有各类能力，在掩护萝卜的进程中施展了重要作用。