迷你特工队研究所杰瑞米博士正在研究具有超强威力的能量“锕反响堆”，而另一方面蜥蜴军团队长宙斯企图用锕反响堆制造强年夜的武器威胁人类世界，并突袭迷你特工队研究所牟取锕反响堆。为夺回锕反响堆，本部筹划组建精英团队，从各地召集了弗特、塞米、麦克斯、露西等队员。