故事描述小智与皮卡丘、艾莉丝、天桐一行人正搭乘火城前往洛祥的旅途中，在行经山区时发明一只从未见过的神奇瑰宝，但它却受了伤一动也不动。其实它正是被称为三位圣剑士的后继者，梦幻的神奇瑰宝‧凯路迪欧。就在此时，最强的龙系神奇瑰宝酋雷姆突然来袭！面对能变换成焰白酋雷姆与闇黑酋雷姆两种型态，并拥有压倒性力量的酋雷姆，小智一行人千钧一发逃过酋雷姆的追击。面对酋雷姆的穷追不舍，在行进列车与飞翔船间产生战斗，他们能否战胜这次的强年夜挑战呢？