《侦探歌剧：少女福尔摩斯》以架空的怪盗和侦探活泼的近未来为配景。在这个世界里存在着有被叫做“Toys”的特殊能力的人类。利用这种特殊的能力，“侦探”和“怪盗”争斗赓续。而故事就是以未来要成为侦探的四个少女夏洛克、妮洛、艾露克露、柯蒂妮娅为中心展开的。